Le nom de la ville d’ Allennes-les-Marais viendrait de AL signifiant « le bord » et LEN signifiant « rivière », car Allennes-les-Marais est bordé par la Deûle.
La terre d'Allennes-les-Marais est mentionnée pour la première fois en l’an 675 dans un titre de l’abbaye Saint Vaast d’Arras.
Vers 964, elle figure dans les possessions de l’abbaye Saint Pierre de Gand, puis après avoir été une dépendance d’Annoeullin elle appartient à l’abbaye Saint-Martin de Tournai jusqu’à la Révolution.
Quatre familles y exercent successivement la justice sous l’ancien régime, les Allennes, les Neuville (Hugues de Neuville, seigneur d’Allennes sera tué en 1415 à la bataille d’Azincourt), les Oignies et les Croix d’Euchin.
En 1566, sous l’occupation espagnole, les habitants de la ville aident les Seclinois à repousser l’invasion des Gueux. Puis en 1642, le duc de Milleray qui prend la ville de La Bassée, ravage le village et brûle la grande ferme d’Allennes.